在《夏目友人帐》第二季的最后一集中，海看到友人帐里最后一页的花而哭泣，主要是因为他感受到了夏目的珍惜和爱护。具体来说，有以下几个原因：

夏目的珍惜：

海从夏目手中摘下一朵花，夹在友人帐里，这表示夏目真的很珍惜和爱护海，而不是骗他。这让海感受到了夏目的真诚和善意，从而感动落泪。

过去的误会：

海之前误以为夏目和名取是一伙的，因为夏目保护了名取，而海是名取的敌人。后来，海解开了封印，放出了妖怪，但却被这些妖怪袭击。夏目在昏迷中救了他，这让海更加感动，也让他意识到夏目是真正站在他这边的。

离别的预感：

在故事的最后，海想到了要与夏目离别，因此伤心的落泪。这朵花成为了他们之间美好回忆的象征，也让海更加珍惜与夏目在一起的时光。

综上所述，海在看到友人帐最后一页的花时哭泣，是因为他感受到了夏目的珍惜和爱护，同时也因为回忆起了与夏目之间的美好时光和即将离别的现实。