三江源地区拥有 1800余个大小湖泊，这些湖泊星罗棋布，是长江、黄河和澜沧江的重要水源地，也是世界上海拔最高、面积最大、河湖分布最集中的地区之一。其中，湖水面积在0.5平方公里以上的天然湖泊有188个。三江源国家公园内面积大于1000平方米的湖泊达到167个，包括长江源园区120个、黄河源园区36个、澜沧江源园区11个。这些湖泊主要以淡水湖和微咸水湖为主。