“夜已经很深了”中的“深”的含义是 时间长或程度深。具体来说：

时间晚

“深”在这里表示时间已经很晚了，通常是指晚上23点以后，也就是古代的子时或半夜三更。

程度深

“深”还可以表示程度深，强调夜晚的深沉和静谧，暗示周围环境和氛围的安静和安宁。

综上所述，“夜已经很深了”中的“深”主要是指时间晚，强调已经到达了深夜的程度，同时也带有一种静谧和安宁的氛围。