诸葛亮在斩杀马谡后痛哭流涕，主要原因可以归结为以下几点：

自责和自惭形秽

诸葛亮深知马谡失街亭是重大失误，而这一失误直接导致了伐魏的失败。马谡是诸葛亮亲自提拔的将领，但未能胜任其职，这让诸葛亮感到自责和自惭形秽。诸葛亮在《出师表》中提到：“责罚不及于其身”，表达了他对未能及时发现并纠正马谡错误的懊悔之情。

刘备的告诫

刘备在临终前曾告诫诸葛亮，马谡名不副实，不能大用。诸葛亮没有充分重视刘备的忠告，导致了马谡的失败。这使得诸葛亮在斩杀马谡后，感到愧疚和自责。

对未来的担忧

马谡的失败不仅影响了当前的战局，还可能对蜀汉的未来产生深远影响。诸葛亮作为蜀汉的丞相，深知自己肩负着重大的责任，马谡的失误让他对未来感到担忧和不安。

内心的矛盾

虽然诸葛亮在斩杀马谡后痛哭流涕，但相比之下，他对安排斩首魏延的行动内心更为矛盾和悲伤。魏延是刘备亲自授予的汉中太守，职位重要性不亚于荆州太守关羽。诸葛亮在北伐前需要做出这样的决策，这让他感到内心痛苦和矛盾。

综上所述，诸葛亮在斩杀马谡后痛哭流涕，主要是因为自责和自惭形秽，后悔没有听刘备的话，同时也对未来感到担忧和内心矛盾。