《阿甘正传》中的女主角珍妮最终离开阿甘的原因是多方面的，主要包括以下几点：

内心的挣扎与痛苦：

珍妮的童年经历，特别是遭受父亲的身体和性侵害，让她一直感到孤独和恐惧，无法信任别人。这种创伤导致她走上了自我毁灭的道路，沉迷于毒品和淫乱的生活方式。她的内心无法获得安宁，难以承受恋爱关系的重压。

追求自由与梦想：

珍妮一直追求自由、梦想和个性的表达，她不愿受到传统社会规范的束缚，也不喜欢被人指挥。而阿甘则更多地依赖于他人的意见和期望，他感到很快乐只是因为能够成为珍妮身边的人。这种性格和价值观的差异使得他们难以完全融合。

自我救赎与愧疚：

珍妮在经历了一系列的堕落和痛苦后，逐渐意识到自己对阿甘的愧疚。她觉得自己对不起阿甘的纯真和善良，没有勇气面对阿甘。因此，她选择离开阿甘，去追寻自己的理想，同时也开始了自我救赎的旅程。

对稳定关系的恐惧：

珍妮可能害怕与阿甘建立稳定的关系，她可能害怕失去自己的独立性和自由。离开可以让她避免面对承诺和责任，同时也保护自己免受潜在的伤害或失望。

综上所述，珍妮离开阿甘的原因是多方面的，包括她内心的挣扎与痛苦、追求自由与梦想、自我救赎与愧疚以及对稳定关系的恐惧。尽管她最终回到了阿甘身边，但她的离开仍然给观众留下了深刻的印象和思考。