福建青红酒在存储过程中颜色发生变化的原因主要有以下几点：

化学反应：

青红酒中的花色苷在遇到碱性物质时会发生化学反应，导致颜色改变。原本的花色苷是紫色，但在碱性条件下可能变成紫黑色或蓝黑色。

花青素的含量：

真红酒中含有大量的花青素，这种色素在遇到碱性物质时颜色会变蓝。而掺假红酒由于花青素含量较少，变色会相对较浅。

存储时间：

随着存储时间的增长，青红酒中的色素会逐渐与酒液中的其他成分发生反应，导致颜色从原来的青绿色逐渐转变为红中带青绿色。

综上所述，福建青红酒在存储过程中颜色发生变化主要是由于化学反应和花青素含量的变化所致。建议在存储青红酒时避免使用碱性物质，并注意存储环境，以保持酒液的原有风味和颜色。