40厚花岗岩的允许偏差根据《中国石材行业标准规定》为 正1mm，负2mm。这意味着在加工和安装过程中，40mm厚的花岗岩板材的厚度误差应控制在这个范围内。

请注意，这些规定是基于国内花岗岩机械加工的实际情况而定的，因此在实际应用中可能会因具体加工方法和材料质量等因素而有所调整。建议在具体项目中参考最新的行业标准和规范，以确保符合实际要求。