在《无间道3：终极无间》中，黎明和曾志伟在图书馆的对话主要包含以下几层含义：

情报交换：

黎明和曾志伟在图书馆的相遇并非偶然，而是有意识地安排，用以交换情报。黎明通过这次对话得知杨锦荣并非卧底，从而消除了对自己的怀疑。

互相监视：

从另一个角度看，这段对话也反映了黎明和曾志伟之间互相监视的关系。黎明在内务部装上了闭路电视，并将信息传送到自己的电脑，而曾志伟可能也在监视黎明。这种互相猜忌和警惕在对话中有所体现。

角色复杂性：

黎明在这部电影中的角色非常复杂，他既不是完全的警察，也不是完全的卧底，而是处于亦忠亦奸的中间状态。他最初希望通过曾志伟获取情报来上位，同时也为对方提供了一些帮助，但他的最终目的是获取所需的情报，而非金钱利益。

剧情悬念：

图书馆的对话情节设计得十分巧妙，旨在增加剧情的悬念。观众在观看这段对话时，可能会对黎明和曾志伟的真实身份产生疑问，从而增加了电影的紧张感和吸引力。

综上所述，黎明和曾志伟在图书馆的对话不仅是为了交换情报，还反映了他们之间复杂的互相监视关系，以及黎明角色的复杂性和剧情的悬念设计。