酱香型白酒制曲过程中重要的耐高温微生物不包括乳酸菌。根据搜索结果，制曲过程中主要依赖以下两类微生物：

产酸发酵微生物

- 曲霉：

将淀粉转化为糖类，并产生多种发酵产物（如酸、酯、醇等），是制曲的核心微生物。

- 酿酒酵母：参与糖酵解和酒精发酵，进一步转化糖类为酒精。

耐高温微生物

- 芽孢杆菌：

在高温下保持活性，促进酒精发酵后期产酯等风味物质的形成。

- 嗜热丝孢菌：耐高温特性强，有助于维持高温环境下的发酵稳定性。

乳酸菌主要存在于发酵后期或发酵环境较温和的阶段，不属于制曲过程中耐高温的关键微生物。因此，正确答案为 C. 乳酸菌。