关于超市酒类库存出现两瓶差的问题，责任的追究需要根据具体情况分析，主要分为以下两种情况：

一、员工责任（失职或盗窃）

失职导致库存差异

若库存减少是由于员工在盘点、入库或保管过程中疏忽大意（如漏记、误操作等）造成的，超市可要求该员工赔偿相应的经济损失。

盗窃行为

若经调查确认是员工私自偷拿酒类，超市应立即报警处理。根据《刑法》相关规定，此类行为可能构成职务侵占罪，公安机关将介入调查。

二、超市责任（管理不善）

系统或流程漏洞

若库存差异源于超市内部管理系统故障、未定期盘点或监控不到位，超市需承担管理责任。建议超市完善库存管理制度，加强员工培训，并定期进行盘点和审计。

供应商问题

若差异出现在采购环节，可能是供应商提供的商品本身存在问题（如包装破损、虚假标注等）。此时超市应与供应商协商解决，必要时通过法律途径追责。

三、消费者权益保护

若涉及消费者购买到不合格酒品，可依据《消费者权益保护法》要求超市：

退货退款；

赔偿货款十倍或损失三倍（最低一千元）；

保留购买凭证和酒品作为证据。

建议超市在处理此类问题时，优先通过内部调查明确责任，同时保留与员工、供应商的沟通记录，以便在需要时提供证据。若涉及法律纠纷，建议咨询专业律师。