林清玄散文集的思想主旨主要体现在以下几个方面：

世事无常与禅宗思想

林清玄的散文中经常表现出对世事无常的感慨，他认为万物皆在变化中，没有永恒不变的事物。这种观念与禅宗的无常思想相吻合。他强调通过内心的修行来达到超越世俗的境界，这与禅宗的修行观念相通。他的散文中常常提到通过冥想、参禅等方式来净化心灵。

内心修行与顿悟渐修

林清玄认为，禅宗所倡导的顿悟与渐修是相互补充的。他的散文既表现出对瞬间开悟的追求，也展现出对长期修行的坚持。

积极入世与人文关怀

林清玄的散文创作深受禅宗思想的影响，这类作品往往包含了深远的禅意。他的写作能以积极的“入世”态度，关注现代人生存中面临的种种问题，并伴之以人文的关怀和思考。

佛理禅趣与人生感悟

林清玄的散文创作充满了佛理禅趣，深受广大读者的喜爱。他全面地系统地以佛教作为主导思想进行文学创作，并产生相当大的影响。他的作品曾多次被中国选入中小学华语教本，也多次被选入大学国文选，是国际华文世界被广泛阅读其作品的作家。

语言清新与意境深远

林清玄散文的语言清新隽永，语言形式十分灵活，在艺术传达过程中具有非常浓厚的意境特点。由于他从小受到父辈热衷宗教事务的影响，以及有文化、有学识母亲的关爱，母亲的言语和入释后的经历共同塑造了林清玄散文的语言特色。

自我观照与心灵净化

林清玄认为，一个人面对外面的世界，需要的是窗子；一个人面对自我时，需要的是镜子。通过窗子能看见世界的明亮，使用镜子能看见自己的污点。其实，窗子或镜子并不重要，重要的是你的心。你的心明亮，世界就明亮；你的心如窗，就看见了世界；你的心如镜，就观照了自我。

综上所述，林清玄散文集的思想主旨是通过对禅宗思想的深刻理解和体悟，探讨人生的无常、内心的修行、积极入世的态度以及佛理禅趣的融入，引导读者在日常生活中实现心灵的净化和自我超越。