《红岩》第六章主要讲述了以下内容：

徐鹏飞的烦恼：

军统少将特务头子徐鹏飞因为与严醉的矛盾而烦恼，不得已同意处决长江兵工总厂的纵火特务，并逮捕了云阳县的假共产党案犯。

甫志高的困境：

甫志高两头受气，一方面对延安向往之，另一方面对国民党仇恨有加。在黄慕颜的裁缝店，他与来取情报的“老朱”碰上了，最终拳脚相见。

黎纪纲和郑克昌的渗透：

沈阳斋向徐鹏飞密报了黎纪纲和郑克昌渗透进地下党组织的消息。

陈松林的认错道歉：

市工委开会时，陈松林代表甫志高认错道歉，但被提拔为川东地下党负责人时，大多数同志反对，最后大家不欢而散，陈松林身心受到严重打击，病倒了。

这些情节展现了国民党特务的残酷和地下党员在严酷环境下的斗争与牺牲。